El IUNDIA, como instituto universitario, tiene entre sus objetivos básicos la investigación, por lo que ha desarrollado nuevas líneas de investigación sobre necesidades y derechos de la infancia, con el objetivo de conseguir conocimientos relevantes, tanto teóricos como prácticos, que potencien y mejoren el bienestar de las niñas, niños y jóvenes. Así pues, lleva a cabo proyectos de carácter interdisciplinar, en colaboración con las distintas Facultades, Escuelas, Centros e Institutos de la UAM, el Comité Español del UNICEF y diferentes organismos y entidades relacionadas con la infancia y sus derechos. Para ello cuenta con distintas fuentes de financiación fundamentalmente públicas, aunque está abierto a la colaboración con entidades privadas.
A continuación se especifican, las investigaciones más relevantes realizadas por el IUNDIA, tanto las recientemente finalizadas, como las que se están desarrollando en la actualidad:
Investigación sobre Buenas prácticas en parentalidad positiva: un recurso para apoyar la práctica profesional con familias.
Investigación sobre Programación y contenidos de la televisión e internet: la opinión de los menores sobre la protección de sus derechos
Investigación sobre Child Friendly Cities (Ciudades Amigas de la Infancia)
Investigación sobre Indicadores Municipales de Aplicación de la Convención sobre los Derechos del Niño
Investigación sobre «Pobreza y Exclusión social de la Infancia en España»
Investigación «Violencia Escolar: El Maltrato entre iguales en la Educación Secundaria Obligatoria 1999-2006 (Nuevo estudio y actualización del informe 2000)»
Investigación sobre «La Escolarización del Alumnado de Origen Inmigrante en España: Análisis Descriptivo y Estudio Empírico»
Estudios sobre participación infantil
Investigación sobre la escolarización de los alumnos inmigrantes en España
Evaluación del plan de infancia de San Fernando de Henares
Investigaciones sobre ciudades amigas de la infancia
Estudio sobre la violencia entre iguales en el medio escolar
Investigación sobre el trabajo infantil en España
Estudio sobre reincidencia en colaboración con la Agencia de Reeducación y Reinserción del Menor Infractor de la Comunidad de Madrid (ARRMI).
Estudio sobre la percepción de los niños, niñas y adolescentes de la ciudad de Madrid en relación a la satisfacción de sus necesidades y el conocimiento.